We wspomnianym piśmie z 20 lutego Zarząd ds. Jeńców Wojennych proponował zwolnienie ok. 300 ciężko chorych, inwalidów i żołnierzy lub funkcjonariuszy powyżej sześćdziesiątego roku życia oraz 400-500 oficerów rezerwy (agronomów, lekarzy, inżynierów, techników, nauczycieli) pochodzących z "nowych" obwodów Białorusi i Ukrainy. Warunkiem zwolnienia miał być brak jakichkolwiek materiałów obciążających polskich oficerów i funkcjonariuszy. Oficerowie Korpusu Ochrony Pogranicza, pracownicy prokuratur i sądów, "obszarnicy", mieli zostać objęci postępowaniem Kolegium Specjalnego.

22 lutego Beria, prawdopodobnie biorąc pod uwagę sugestie dotyczące rozpoczęcia postępowania przed Kolegium Specjalnym, wydał rozkaz przeniesienia do więzień zarządów NKWD obwodów woroszyłowgradzkiego (dziś Ługańsk), smoleńskiego i kalinińskiego (dziś Twer) niektórych więźniów obozów jenieckich. Do tej grupy zaliczono funkcjonariuszy więziennictwa, agentów wywiadu wojskowego, "prowokatorów", osadników, pracowników prokuratur i sądów, "obszarników" i kupców. 3 marca obóz kozielski opuściło 115 jeńców, starobielski: dwunastu, ostaszkowski: ośmiu. Udało im się ocaleć. 26 lutego szef Zarządu ds. Jeńców Piotr Soprunienko polecił uzupełnienie niektórych danych jeńców i przesłanie kopii ich dokumentów do Moskwy. Rozkaz ten wykonano do końca miesiąca.

Zgromadzone dokumenty były podstawą notatki, którą Beria skierował do Stalina w dniu obrad Biura Politycznego KC WKP(b), 5 marca 1940 r. Ludowy komisarz spraw wewnętrznych stwierdzał w niej m.in.: "W obozach dla jeńców wojennych NKWD ZSRS i w więzieniach zachodnich obwodów Ukrainy i Białorusi w chwili obecnej znajduje się duża liczba byłych oficerów armii polskiej, byłych pracowników policji polskiej i organów wywiadu, członków nacjonalistycznych, kontrrewolucyjnych partii, członków ujawnionych kontrrewolucyjnych organizacji powstańczych, uciekinierów i innych. Wszyscy są zatwardziałymi wrogami władzy sowieckiej, pełnymi nienawiści do ustroju sowieckiego".

W dalszej części Beria zaznaczał: "Będący jeńcami wojennymi, oficerowie i policjanci, przebywający w obozach, usiłują kontynuować działalność kontrrewolucyjną, prowadzą agitację antysowiecką. Wszyscy czekają tylko na wyjście na wolność, aby móc aktywnie włączyć się do walki przeciw władzy sowieckiej. Organy NKWD w zachodnich obwodach Ukrainy i Białorusi wykryły szereg kontrrewolucyjnych organizacji powstańczych. We wszystkich tych kontrrewolucyjnych organizacjach przywódczą rolę odgrywali byli oficerowie armii polskiej, byli policjanci i żandarmi".

Według danych zawartych w piśmie Berii do Stalina w obozach dla jeńców wojennych przetrzymywano (nie licząc szeregowców i kadry podoficerskiej): "14 736 byłych oficerów, urzędników, obszarników, policjantów, żandarmów, służby więziennej, osadników i agentów wywiadu - według narodowości: ponad 97 proc. Polaków". Szef NKWD podawał, że wśród nich znajduje się: 295 generałów, pułkowników i podpułkowników, 2080 majorów i kapitanów, 6049 poruczników, podporuczników i chorążych, 1030 oficerów i podoficerów policji, straży granicznej i żandarmerii, 5138 szeregowców policji, żandarmerii, służby więziennej i agentów wywiadu oraz 144 urzędników, obszarników, księży oraz osadników.

Notatka informowała również: "W więzieniach zachodnich obwodów Ukrainy i Białorusi przetrzymywanych jest ogółem 18 632 aresztowanych (wśród nich 10 685 Polaków)". W tej liczbie: "1207 byłych oficerów, 5141 byłych policjantów, agentów wywiadu i żandarmerii, 347 szpiegów i dywersantów, 465 byłych obszarników, fabrykantów i urzędników, 5345 członków różnorakich kontrrewolucyjnych i powstańczych organizacji i różnych kontrrewolucyjnych elementów, 6127 uciekinierów".

Oceniając, że wszyscy polscy jeńcy wojenni przetrzymywani w obozach oraz Polacy znajdujący się w więzieniach "są zatwardziałymi, nierokującymi poprawy wrogami władzy sowieckiej", Beria wnioskował o rozpatrzenie ich spraw w trybie specjalnym, "z zastosowaniem wobec nich najwyższego wymiaru kary - rozstrzelania". Dodawał, że należy to rozpatrzyć bez wzywania aresztowanych i bez przedstawiania zarzutów, decyzji o zakończeniu śledztwa i aktu oskarżenia. Formalnie wyroki miały być wydawane przez "trójkę" w składzie: Iwan Basztakow (szef 1 Wydziału Specjalnego NKWD - ewidencyjno-statystycznego), Bogdan Kobułow i Wsiewołod Mierkułow (obaj byli zastępcami Berii). Nie było to więc Kolegium Specjalne NKWD, lecz inny, bliźniaczo podobny organ pozasądowy w ramach struktur Ludowego Komisariatu. Zastosowanie którejkolwiek z tych procedur pozwalało na "rozpatrywanie spraw" bez wzywania świadków.

Notatka Berii stała się de facto przyjętą bez poprawek uchwałą Biura Politycznego. Druga część dokumentu, zaczynająca się od słów: "Polecić NKWD ZSRS", jest właściwym rozkazem wykonania zbrodni. Na omawianym piśmie Berii znalazły się aprobujące podpisy wszystkich obecnych: Stalina - sekretarza generalnego WKP(b), Klimienta Woroszyłowa - marszałka Związku Sowieckiego i komisarza obrony, Wiaczesława Mołotowa - przewodniczącego Rady Komisarzy Ludowych i komisarza spraw zagranicznych, i Anastasa Mikojana - wiceprzewodniczącego Rady Komisarzy Ludowych i komisarza handlu zagranicznego, a także ręczna notatka: "Kalinin - za, Kaganowicz - za" (Michaił Kalinin był przewodniczącym Prezydium Rady Najwyższej ZSRS, formalnie głową państwa; Łazar Kaganowicz - wiceprzewodniczącym Rady Komisarzy Ludowych i komisarzem transportu i przemysłu naftowego). Nieobecnych i niepodpisanych przez sekretarza było trzech członków BP: Nikita Chruszczow, Andriej Żdanow i Andriej Andriejew. Pod podpisami widnieje poza tym adnotacja Berii: "Wyk.[onać]". Ekspertyza grafologiczna przeprowadzona po odtajnieniu dokumentu w 1990 r. potwierdziła autentyczność wszystkich własnoręcznie złożonych podpisów.

Praktyka "podpisywania się" przez niektórych nieobecnych członków Biura Politycznego była powszechna. Często byli oni w kontakcie telefonicznym z Kremlem i potwierdzali swoje poparcie dla zapadających decyzji. Ta procedura miała sprawiać wrażenie kolegialności w podejmowaniu decyzji. W rzeczywistości od końca lat dwudziestych pełną kontrolę nad Biurem Politycznym sprawował Stalin. Nierzadko obrady BP odbywały się na daczy Stalina w Kuncewie i miały całkowicie nieformalny charakter. Poprzez zachowywanie procedur sowiecki dyktator dążył również do wciągnięcia swojego "dworu" do procesu podejmowania kluczowych decyzji. W ten sposób pragnął zapewnić sobie jego bezwzględne poparcie i rozłożyć odpowiedzialność za podjęte działania na wszystkich towarzyszy. W tym kontekście niezwykle prawdopodobne wydaje się, że większość członków BP dowiedziała się o notatce szefa NKWD dopiero w czasie posiedzenia, gdy decyzja została podjęta przez Stalina po konsultacjach wyłącznie z Berią.

W treści i formie dokumentu z 5 marca zwracają uwagę dwie jego unikalne cechy. Jest to jedno z najlepszych świadectw podejmowania decyzji o dokonaniu masowej zbrodni na szczytach władzy systemu totalitarnego. Reżim narodowosocjalistyczny oraz reżimy komunistyczne często maskowały swoje rzeczywiste działania poprzez procedury nadające im pozory legalności, np. procesy sądowe z zachowaniem drogi odwołania od wyroku. Także działania polityczne, takie jak agresja z 17 września, były "legalizowane" przez późniejszą długą procedurę wcielania Kresów do republik sowieckich na "wniosek miejscowej ludności" i za zgodą "parlamentu ZSRS". Mordy popełniane "na niższym szczeblu" mogły być tłumaczone przez rzekome próby ucieczki jeńców lub przypadkowe straty wynikające z chaosu walki. Z punktu widzenia sowieckiego prawa Biuro Polityczne nie mogło narzucić "trójce" lub innemu organowi NKWD decyzji, która teoretycznie mogłaby być inna niż ta narzucana przez Stalina i jego otoczenie. W rzeczywistości więc rozkaz z 5 marca 1940 r. jest emblematycznym przykładem praktyki funkcjonowania komunistycznego reżimu ZSRS całkowicie zdominowanego przez Stalina. Oceny tej nie mogą zmieniać późniejsze pojedyncze odstępstwa od wykonania decyzji z 5 marca, takie jak wycofanie małej części skazanych z transportów do miejsc straceń.

Decyzja z 5 marca jest wyjątkowa również za sprawą niezwykle "szczerego uzasadnienia" konieczności mordu przedstawionego przez Berię. Jego wiedza na temat postawy jeńców wynikała z raportów składanych przez władze obozów. Ocaleni jeńcy wspominali, że Polacy podczas przesłuchań przez oficerów NKWD w otwarty sposób krytykowali system sowiecki i podkreślali przewagi Zachodu nad ZSRS. Podobne głosy pojawiały się w trakcie propagandowych pogadanek, kiedy oficerowie zadawali politrukom niewygodne pytania. W przeciwieństwie do propagandowych broszur chętnie czytano sowiecką prasę, ale wyłącznie w celu "wyłowienia" prawdziwych informacji o sytuacji na świecie lub zdobycia argumentów na rzecz krytyki polityki Związku Sowieckiego. Z tej perspektywy polscy jeńcy bez wątpienia jawili się jako groźni "wrogowie klasowi".

Prawdopodobnie pogarda wobec systemu sowieckiego wyrażana przez jeńców nie była jedynym motywem decyzji o zbrodni. Część historyków zwracała uwagę na czasowy związek między sowieckim mordem a podjętą przez Niemców "Akcją AB", podczas której zabito ok. 3,5 tys. przedstawicieli polskiej elity intelektualnej. Obie operacje z wiosny 1940 r. można traktować jako wynikające nie tylko z polityki obu zaborców zmierzających do zniszczenia polskich elit, lecz także z zapisów "Tajnego protokołu dodatkowego" do niemiecko-sowieckiego traktatu z 28 września 1939 r. Zakładał on współpracę przy likwidowaniu "agitacji polskiej".

Istotnym argumentem przesądzającym wymordowanie polskich oficerów była też pamięć Stalina o klęsce roku 1920, do której przyczynił się przez swoje ambicje. Podczas śledztwa sowieckiej prokuratury wojskowej w 1990 r. były szef Zarządu ds. Jeńców Wojennych NKWD Piotr Soprunienko zeznał: "Chodziły słuchy w 1940 r., że rozstrzelanie polskich jeńców wojennych [...] zostało przeprowadzone na mocy decyzji Stalina, który nie mógł wybaczyć klęski Armii Czerwonej pod Warszawą w 1920 r.". Na decyzję sowieckiego dyktatora mogły wpłynąć również bieżące wydarzenia polityczne, takie jak zapowiedź udzielenia pomocy wojskowej Finlandii przez Wielką Brytanię i Francję. Częścią korpusu ekspedycyjnego miała być polska Samodzielna Brygada Strzelców Podhalańskich. Decyzja o dokonaniu mordu zapadła miesiąc przed atakiem Niemiec na Danię i Norwegię, który kończył tzw. dziwną wojnę. Jego wykonanie zaś zostało zakończone w momencie, gdy III Rzesza rozpoczynała zwycięską kampanię francuską. Ku zaskoczeniu Stalina zakończyła się ona błyskawiczną klęską aliantów. Być może pod wrażeniem wydarzeń maja i czerwca 1940 r. Stalin mógłby uznać, że polscy oficerowie mogą być mu niezbędni w obliczu ewentualnej wojny z Niemcami. Potwierdzeniem tej tezy mogą być trwające od jesieni 1940 r., prowadzone przez NKWD przygotowania do utworzenia polskiej dywizji w ramach Armii Czerwonej. Jej dowództwo mieli stanowić oficerowie deklarujący chęć współpracy z ZSRS, tacy jak ppłk Zygmunt Berling. W tym samym czasie w rozmowie z tą grupą oficerów Wsiewołod Mierkułow na pytanie o pozostałych członków polskiego korpusu oficerskiego powiedział: "Popełniliśmy wobec nich wielki błąd".

Kluczem do zrozumienia większości motywacji kierujących Stalinem w marcu 1940 r. mogą być słowa ocalałego jeńca Kozielska, po wojnie wybitnego znawcy ZSRS, Stanisława Swianiewicza: "Sowiecka taktyka polityczna zna dwa sposoby postępowania z pokonanym przeciwnikiem: zmusić go do pracy i służby dla dobra Związku Sowieckiego [...], albo w drugim przypadku unicestwić go. Sowieckie władze musiały rozstrzygnąć, która z tych dwóch metod winna być zastosowana do oficerów polskich znajdujących się w ich rękach".