Około 15% populacji Litwy cierpi na alergie sezonowe, zwłaszcza w czerwcu i lipcu. W tych miesiącach dominuje pyłek traw dzwonkowatych i mgławicowych. Zanieczyszczenie powietrza powoduje też stężenie cząstek stałych. Jest ono spowodowane emisją gazów przez pojazdów, pracami remontowo-budowlanymi oraz słabym wiatrem i brakiem opadów. W czerwcu dzienna dopuszczalna wartość stężenia cząstek stałych została przekroczona prawie czterokrotnie. Największe zanieczyszczenie zanotowano na Zarzeczu, Wilczej Łapie, a także w Fabianiszkach, Karolinkach i Zujunach. Jakość powietrza i stężenie pyłków w Wilnie można monitorować za pomocą wirtualnych płuc miasta. Dane o zanieczyszczeniu i jakości powietrza są aktualizowane co minutę, a o stężeniu pyłków w mieście – co godzinę.