Bohaterami filmu są Małgosia, Andrzej, Mariusz i Tomek. Łączy ich to, że każdy z nich jest po przeszczepie serca. Niektórzy z nich swoje "drugie" życie zaczęli już ponad 20 lat, niektórzy zaledwie kilka lat temu.

Tytułowy "Portret Ojca" to czasem jedna fotografia, a czasem album pełen zdjęć, zachowanych niczym relikwie jako pamięć po utraconym rodzicu. Wiosną 1940 roku blisko 22 tys. polskich obywateli zostało rozstrzelanych przez NKWD.