Przygody trójki rodzeństwa oraz ciekawskiego Kleksa Bystrzaka, którzy w każdym odcinku uczą się pisać, liczyć oraz rozwiązywać ciekawe zagadki. Jagoda (7 lat), Michał (5 lat) i Tymon (3 lata) razem ze swoim niebieskim przyjacielem poznają Polskę i świat, nie wychodząc z domu. W "Szkole z Kleksem Bystrzakiem" jest miejsce na wykonanie prostych prac plastycznych, eksperymentów oraz innych zabaw edukacyjnych. W każdym odcinku dzieci poznają: przewodnią cyfrę/liczbę, literę i figurę geometryczną. Poznają ciekawostki z różnych dziedzin: przyrody, geografii, chemii, historii, fizyki.